好氧性污水处理菌剂微生物利用水中溶氧(DO)，将有机污染物分解成水和二氧化碳，硝酸盐，亚硝酸盐，以及小分子物质，微生物可利用小分子物质进行自我繁殖，其过程正好可以降解污染有机物，达到除污除臭的目的，此种处理方法用的较多的就是活性污泥法。
    厌氧性污水处理菌剂主要完成反硝化作用，微生物将污水中硝酸盐和亚硝酸盐进行脱氮反应，最终产生无毒无污染的氮气和氧氮化物成分，此种方法广泛用于废水处理的厌氧池中，可有效降低总氮含量。
    厌氧性菌剂微生物在厌氧状态下将水中糖类和蛋白质分解成单糖、氨基酸和低级脂肪酸(有机酸)，然后进一步分解成乙酸和乙酸盐，最后经过脱竣产生甲烷。